廈門海關(guān)是直屬國務(wù)院海關(guān)總署的正局級機(jī)構(gòu)。目前，廈門海關(guān)下轄副廳級機(jī)構(gòu)1個（廈門海關(guān)緝私局）和處級機(jī)構(gòu)33個，科級機(jī)構(gòu)205個。其中下設(shè)8個正處級下屬關(guān)，即東渡海關(guān)、廈門高崎機(jī)場海關(guān)、象嶼保稅區(qū)海關(guān)、泉州海關(guān)、石獅海關(guān)、漳州海關(guān)、東山海關(guān)、龍巖海關(guān)；1個副處級下屬關(guān)，即肖厝海關(guān)；4個派駐機(jī)構(gòu)，即駐海滄辦事處、駐高崎辦事處、駐同安辦事處和駐郵局辦事處。

　　1684年（清康熙23年），清政府開放海禁，設(shè)立閩、粵海關(guān)。其中，閩海關(guān)為福建海關(guān)通稱，初僅設(shè)福州、廈門兩口，廈門口于1685年5月正式對外辦公，其行政和業(yè)務(wù)由清政府派海關(guān)監(jiān)督進(jìn)行管理。廈門海關(guān)機(jī)構(gòu)設(shè)立至今已有近320年歷史。

　　1949年10月17日，廈門解放。22日，廈門市軍事管制委員會派軍事代表正式接管廈門關(guān)，開始了廈門口岸人民海關(guān)的歷史新階段。

　　1984年7月，廈門海關(guān)由正處級機(jī)構(gòu)調(diào)整為廳局級機(jī)構(gòu)。

　　廈門海關(guān)是直屬國務(wù)院海關(guān)總署的正局級機(jī)構(gòu)。目前，廈門海關(guān)下轄副廳級機(jī)構(gòu)1個（廈門海關(guān)緝私局）和處級機(jī)構(gòu)33個，科級機(jī)構(gòu)205個。其中下設(shè)8個正處級下屬關(guān)，即東渡海關(guān)、廈門高崎機(jī)場海關(guān)、象嶼保稅區(qū)海關(guān)、泉州海關(guān)、石獅海關(guān)、漳州海關(guān)、東山海關(guān)、龍巖海關(guān)；1個副處級下屬關(guān)，即肖厝海關(guān)；4個派駐機(jī)構(gòu)，即駐海滄辦事處、駐高崎辦事處、駐同安辦事處和駐郵局辦事處。

　　廈門關(guān)區(qū)管轄范圍包括福建省的廈門、泉州、漳州、龍巖4個地級市。轄區(qū)面積約占福建全省面積的半壁河山。

　　廈門海關(guān)職責(zé)，主要擔(dān)負(fù)著對廈門關(guān)區(qū)進(jìn)出關(guān)境運輸工具、貨物和物品監(jiān)督管理，征收稅費，查緝走私，編制海關(guān)統(tǒng)計和辦理其他海關(guān)業(yè)務(wù)的任務(wù)。業(yè)務(wù)門類齊全，現(xiàn)中國大陸海關(guān)所有的各類業(yè)務(wù)廈門海關(guān)都有，陸、海、空運輸方式均有。有些業(yè)務(wù)門類是全國海關(guān)獨有，如大嶝對臺小額商品交易市場是全國獨一無二；又如出口監(jiān)管倉入庫退稅全國只有在廈門海關(guān)和深圳海關(guān)試點；廈門海關(guān)還擔(dān)負(fù)著對金廈直航監(jiān)管業(yè)務(wù)；廈門區(qū)港聯(lián)動試點工作正穩(wěn)步推進(jìn)，已于2005年下半年驗收通過。